カウンターハンターとの死闘から約３ヶ月、ロックマンＸ(エックス)の前に新たな強敵が現れた。 今回の敵は、なんとエックスが過去に倒したはずのレプリロイドだった。事件の真相を突き止めるべく行動を開始したエックスとＺＥＲＯ（ゼロ）。 その戦いの中、エックスのバスターに謎の物質（リミテッド）が付着してしまったのだ。その影響を受け変化しパワーアップしてゆくバスター。エックスは己の強さに戸惑いを覚えながらも、敵にむかってゆく。 そして、この再生レプリロイド事件の裏にいつもいる、謎のマントの男（インセプトチェイサー）の影。浮かび上がった事件のカギを握る男、Ｄｒ．ドップラー。 ＺＥＲＯ（ゼロ）の持って来た情報により、ドップラーがいるという廃工場が見つかった。 はたして、エックスとＺＥＲＯ（ゼロ）の戦いの行方は…… 株式会社カプコン（1995）．　ジャンボカードダス　ロックマンＸメガミッション　株式会社バンダイ