ゼロ
かつてエックスとともに１００年前の戦争で活躍したイレギュラーハンターのひとり。地下の研究所に封印されていたところをシエルにより見つけ出される。迫害されるレジスタンスのためにネオ･アルカディアと戦う。
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シエル
かつてネオ･アルカディアで、レプリロイドやサイバーエルフの研究をしていた科学者の少女。各地に散らばる人間やレプリロイドたちを助けるために、レジスタンスベースを離れ、トレーラーで各地を移動している。
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セルヴォ
ゼロのために新しい武器を開発してくれる頼もしい技術者。今回は集めたパーツで新しいチップを開発してくれる。
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ネージュ
ジャーナリストを生業とする人間の少女。
ゼロがコピーエックスを倒したことにより無秩序な状態になったネオ･アルカディアから逃げてきたらしい。唯一、人間が地上で暮らせる場所、グラウンド･ゼロを目指して・・・。
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クラフト
ネージュと深い関係がありそうなレプリロイド。
一見戦闘用のレプリロイドに見えるのだが、敵か味方か・・・。ネージュとともに物語のカギとなるのか？
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アインヘルヤル八闘士
改造を受けた者から自ら志願した者まで、その出自、真意ともにバラバラなネオ･アルカディアの８体のレプリロイド。
ゼロとの対峙は明らかだ！
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