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レプリロイドを凶暴化させるΣ（シグマ）ウィルスの発生が発端となり、長きにわたって繰り広げられた「イレギュラー戦争」。その永遠に続くかと思われた戦いも、ついに一人の英雄「ロックマンX（エックス）」の活躍によって終わりを告げ、世界は復興への道を歩み始めた。
人間が幸せに生活する事ができるユートピアをめざし再生の拠点として築きあげられた都市「ネオ･アルカディア」。人々はようやく笑顔を取り戻しつつあった。だが、そこはレプリロイドにとっては地獄のような世界であった。レプリロイドのイレギュラー化を恐れる政府は、不当な理由で次々とレプリロイド達を逮捕し、処分していったのである。
運良く処分を逃れたレプリロイドたちは半壊した旧都市に隠れ、そこに残るわずかなエネルギーを見つけ出し細々と暮らしていた。
そんな彼らと一緒に暮らす、元科学者の少女「シエル」。レプリロイドの開発に携わっていた彼女は、政府によりイレギュラーの汚名を着せられ処分される彼らを放っておけなかったのだ。
ささやかに生きていた彼らにも、ついに政府の魔の手が迫る。追い詰められるレプリロイド達。このままでは、みんな死んでしまう。シエルは、ある場所に今も眠っている伝説のレプリロイド「ゼロ」の名を思い出した。
もし伝説が本当なら…もしかしたら…。
（ロックマンゼロ取扱説明書, 2002, p.3）
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