| ロックマンゼロ３ ＢＧＭリスト |
| No | 曲名 | 使用場所 / イベント |
| １ | タイトル3 [Title Ⅲ] | 起動画面 |
| ２ | ネオ・アルカディア・マーチ [Neo Arcadia March] | オープニング１ / プロローグ |
| ３ | 忌まわしき箱舟 [Forbidden Ark] | オープニング２ / 謎の戦艦 |
| ４ | ブレークアウト [Break Out] | 壊れた宇宙船 |
| 壊れた宇宙船 / イベント１ ゼロの回想～ダークエルフの謎 | ||
| ５ | 暗澹 [Darkness over World] | 壊れた宇宙船 / イベント２ ネオ・アルカディア軍の襲撃 |
| 壊れた宇宙船 ボス戦闘前 / イベント１ ファーブニルとレヴィアタン | ||
| 壊れた宇宙船 ボス戦闘後 / イベント１ ハルピュイア対オメガ | ||
| 壊れた宇宙船 ボス戦闘後 / イベント４ ゼロとシエルの通信会話 | ||
| 海上のハイウェイ跡地 / イベント２ ダークエルフの呪い～パンテオン・アクア変身 | ||
| 旧居住区 ボス戦闘後 / イベント２ ゼロとシエルの通信会話 | ||
| 前半４ミッションクリア後 / イベント３ ゼロとシエル～オレはお前を信じている | ||
| ミサイル工場 クリア後 / イベント１ ゼロとシエル | ||
| エリアＸ－２ ボス戦闘後 / イベント オリジナルエックスとコピーエックス～二人のエックス | ||
| エリアＸ－２ クリア後 / イベント１ ゼロとエックス | ||
| エリアＸ－２ クリア後 / イベント３ ゼロとエックス～大事なのは体ではなく心なのだと… | ||
| 雪原 クリア後 / イベント データの回収完了 | ||
| 後半４ミッションクリア後 / イベント２ ハルピュイア～戦士の誇り | ||
| 後半４ミッションクリア後 / イベント６ エックス～気をつけて……ゼロ | ||
| アンダー･アルカディア ボス戦闘後 / イベント２ ゼロとシエルの通信会話 | ||
| バイル研究所 オメガ第１形態戦闘後 / イベント１ オメガ | ||
| ６ | 追放されしモノ - オメガ [Exiled One －Omega－] | 壊れた宇宙船 ボス戦闘前 / イベント２ オメガ登場 |
| ミサイル工場 ボス戦闘後 / イベント２ 怒りのハルピュイア | ||
| バイル研究所 ボス戦闘前 / イベント２ オメガ登場 | ||
| ７ | オメガバトル [Omega Battle] | 壊れた宇宙船 / ボス戦闘：オメガ |
| バイル研究所 / ボス戦闘：オメガ | ||
| ８ | 怨讐の科学者 [Curse of Bile] | 壊れた宇宙船 ボス戦闘後 / イベント２ バイル登場 |
| 旧居住区 ボス戦闘後 / イベント１ バイルとベビーエルフ | ||
| ミサイル工場 クリア後 / イベント２ コピーエックスとバイルからの通信 | ||
| エリアＸ－２ クリア後 / イベント２ バイルの声明 | ||
| 後半４ミッションクリア後 / イベント５ バイル～復讐の序曲 | ||
| アンダー･アルカディア ボス戦闘前 / イベント１ バイル | ||
| バイル研究所 ボス戦闘前 / イベント１ バイルの正体 | ||
| ９ | プリズマティック [Prismatic] | データ管理画面 |
| 壊れた宇宙船 クリア後 / イベント レジスタンスベース | ||
| レジスタンスベース | ||
| 前半ミッション開始前 / イベント ゼロとシエル～お前は一人じゃない | ||
| 前半４ミッションクリア後 / イベント１ レジスタンスベース～今後の状況 | ||
| 前半４ミッションクリア後 / イベント３ 異変 | ||
| ミサイル工場 クリア後 / イベント３ ゼロとシエル～信頼の絆 | ||
| エリアＸ－２ クリア後 / イベント４ レジスタンスベース | ||
| 後半４ミッションクリア後 / イベント１ データの解析 | ||
| 後半４ミッションクリア後 / イベント３ 妖精戦争のファイル | ||
| １０ | バイザー・アイズ [Visor Eyes] | ステージ最初 |
| １１ | ボルケノ [Volcano] | アグニス火山の基地 |
| １２ | ウォーター･シティ [Water City] | 海上のハイウェイ跡地 |
| １３ | リボーン・メカニクス [Reborn Mechanics] | 兵器再生工場 |
| ミニゲーム：ゼロ | ||
| １４ | オールド・ライフ・スペース [Old Life Space] | 旧居住区 |
| 旧居住区 / イベント２ ゼロとシエルの通信会話 | ||
| １５ | クリエとプリエ [Crèer and Prier] | 旧居住区 / イベント１ ベビーエルフ（クリエとプリエ）登場 |
| 旧居住区 ボス戦闘前 / イベント１ ベビーエルフとデスタンツ・マンティスク | ||
| アンダー･アルカディア ボス戦闘後 / イベント１ クリエとプリエの最期 | ||
| １６ | クラッシュ3 [Crash Ⅲ] | 中ボス戦闘 |
| ミニゲーム：ファーブニル | ||
| １７ | エックスのテーマ [X, The Legend] | 壊れた宇宙船 ボス戦闘後 / イベント３ コピーエックスＭＫ２登場 |
| 前半４ミッションクリア後 / イベント２ ハルピュイアとコピーエックス～報われぬ想い | ||
| １８ | ファイナルカウントダウン [Final Count Down] | ミサイル工場（前半） |
| １９ | オメガミサイル [Omega Missile] | ミサイル工場 / イベント 発射されたミサイル |
| ミサイル工場（後半） | ||
| ミニゲーム：ファントム | ||
| ２０ | ダークエルフ [Darkelf] | 海上のハイウェイ跡地 / イベント ダークエルフ登場 |
| ミサイル工場 ボス戦闘後 / イベント１ ダークエルフとオメガの融合 | ||
| 後半４ミッションクリア後 / イベント４ 妖精戦争 | ||
| オメガ第３形態 戦闘後 / イベント 四天王とエックス～１００年前の決着をつけるために | ||
| ２１ | 果てしなき戦いへ3 [For Endless Fight Ⅲ] | 夕闇の砂漠 |
| ２２ | サンド・トライアングル2 [Sand Triangle Ⅱ] | アナトレーの森 |
| ２３ | 潜入2 [Infiltration Ⅱ] | 氷の前線基地 |
| ２４ | ネオ・アルカディア3 [Neo Arcadia Ⅲ] | エリアＸ－２ |
| ミニゲーム：コピーエックス | ||
| ２５ | 冷めた微笑 [Cold Smile] | エネルギー施設 |
| ２６ | パウダー･トレイル [Trail on Powdery Snow] | 雪原 |
| ２７ | 水没した記憶 [Submerged Memory] | 水没した図書館 |
| 水没した図書館 / イベント１ データルーム | ||
| 水没した図書館 / イベント２ 各データ回収 | ||
| ミニゲーム：レヴィアタン | ||
| ２８ | ハイ・スピード・リフト [High-Speed Lift] | 巨大エレベーター |
| ミニゲーム：ハルピュイア | ||
| ２９ | ガーダールーム [Guarder Room] | ボス戦闘前 |
| 旧居住区 ボス戦闘前 / イベント２ デスタンツ・マンティスク変身 | ||
| ミサイル工場 ボス戦闘前 / イベント クリエとプリエ | ||
| 水没した図書館 ボス戦闘前 / イベント ヴォルティール・ビブリーオ登場 | ||
| アンダー･アルカディア（サイバー空間） 中ボス戦闘前 / ファントム～強敵再び | ||
| ３０ | スクラップ・ビート [Scrapped Beat] | ボス戦闘 |
| ３１ | リザルト3 [Result of Mission Ⅲ] | リザルト画面 |
| ３２ | ヘルズゲイト [Hell's Gate Open] | アンダー･アルカディア |
| ３３ | 怨讐の科学者 [Curse of Bile - Stage Version -] | バイル研究所 |
| ３４ | ジャッジメント・デイ [Judgement Day] | バイル研究所 / ボス戦闘：オメガ第２形態 |
| ３５ | ゼロ / リターン [Return to Zero] | バイル研究所 オメガ第２形態戦闘後 / イベント１ 忘却の研究所～ゼロの回想 |
| ３６ | 魔神降臨 [Apocalypse Now] | バイル研究所 オメガ第２形態戦闘後 / イベント２ オメガの正体 |
| ３７ | キャノンボール [Cannon Ball] | ボス戦闘：オメガ第３形態 |
| ３８ | あなたはゼロ [I, 0 Your Fellow] | エンディング１ エックス |
| エンディング２ ゼロとシエル～オレはオレでしかない…オレは………ゼロだ | ||
| ３９ | 紅き伝説 [Everlasting Red] | スタッフロール |
| ４０ | ラボ-システマ・シエル [Labo－System-a-Ciel－] | ミニゲーム：シエル |