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遠い昔に封印された伝説の赤きレプリロイド「ゼロ」の復活により、ネオ・アルカディアを統治するコピーエックスは倒され、シエル達は最悪の事態から逃れることができた。半壊したレジスタンスベースをあとにし、政府と対立する別のレジスタンス軍と合流したシエルは、新しいレジスタンスベースの司令官エルピスから謎のサイバーエルフを与えられ、エネルギー開発に専念することになった。 一方、コピーエックスという偉大な指導者を失ったネオ・アルカディアは、四天王の１人ハルピュイアを当面の責任者として、計画を続行していた。 ネオ・アルカディアに対して平和的解決を望むシエルに反して、武力行使を推し進めるエルピスは「正義の一撃作戦」と称したネオ・アルカディア総攻撃を試みるものの、ハルピュイア達に反撃を食らい無残な結果に終わる。 その失敗が引き金となり、力を欲したエルピスは、妖精戦争を引き起こしたと言われるダークエルフに魅せられ、やがて暴走を始める。 ネオ・アルカディアの最深部に封印されていたダークエルフを体に取り込み、究極の力を手に入れたはずのエルピスであったが、結局はその力を制御することができず、ゼロによって倒されてしまう。 妖精戦争と同じ悲劇は未然に防ぐことができたが、その安堵の裏にはダークエルフの復活を待ち望んでいた人物の影があった。 そして…。ダークエルフの悪夢も去り、ネオ・アルカディアからの攻撃も沈静化してきたある日、レジスタンスのもとに巨大な宇宙船が雪原に落ちたという情報が入る。その現場にダークエルフと同じ強力なエネルギー反応があると知ったシエルは、ゼロとレジスタンスの仲間と共に調査に向かっていた。 （ロックマンゼロ3取扱説明書, 2004, p.4） |
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